Žádost podává vlastník pozemku, stavebník se souhlasem vlastníka pozemku – tj. zpravidla ten, v jehož zájmu má být souhlas vydán, případně zplnomocněný zástupce.

Žádost o souhlas s odnětím zemědělské půdy ze zemědělského půdního fondu musí kromě náležitostí podle správního řádu obsahovat účel zamýšleného odnětí, vyhodnocení předpokládaných důsledků navrhovaného řešení na zemědělský půdní fond a zdůvodnění, proč je navrhované řešení z hlediska ochrany zemědělského půdního fondu, životního prostředí a ostatních zákonem chráněných veřejných zájmů nejvýhodnější. Pokud je předmětem odnětí pouze etapa celkového záměru, žadatel uvede jeho konečný předpokládaný rozsah, zejména celkové požadavky na zemědělskou půdu. K žádosti je dle § 9, odst. 6 zákona nutno připojit:

a) údaje katastru nemovitostí o pozemcích, jichž se navrhované odnětí zemědělské půdy ze zemědělského půdního fondu týká, s vyznačením vlastnických, popřípadě uživatelských vztahů k dotčeným pozemkům, a dále výměry parcel nebo jejich částí a zákres navrhovaného odnětí v kopii katastrální mapy, popřípadě doplněné orientačním zákresem parcel z dřívější pozemkové evidence   

b) vyjádření vlastníka (popřípadě spoluvlastníka) zemědělské půdy, jejíž odnětí ze zemědělského půdního fondu se navrhuje, nebo jiné osoby, která je oprávněna tuto zemědělskou půdu užívat, nejedná-li se o žadatele, k navrhovanému odnětí

c) výpočet odvodů za odnětí půdy ze zemědělského půdního fondu včetně postupu výpočtu podle přílohy k tomuto zákonu a včetně vstupních údajů použitých pro výpočet, nejde-li o odnětí, při kterém se odvody nestanoví

d) plán rekultivace, má-li být půda po ukončení účelu odnětí vrácena do zemědělského půdního fondu nebo rekultivována  zalesněním či zřízením vodní plochy

e) předběžnou bilanci skrývky kulturních vrstev půdy a návrh způsobu jejich hospodárného využití

f) vyhodnocení a návrh alternativ podle § 7 odst. 1 a 2 zákona

g) výsledky pedologického průzkumu (snímek půdního profilu - kopaná sonda s přiloženým metrem tak, aby byla zřetelná mocnost ornice a podorničí - minimálně jedna sonda na jedno BPEJ)

h) údaje o odvodnění a závlahách (doloženo vyjádřením Státního pozemkového úřadu, popřípadě podklady z územně plánovacích dokumentací nebo ze stránek http://meliorace.vumop.cz/)

i) údaje o protierozních opatřeních (doloženo vyjádřením Státního pozemkového úřadu, popřípadě podklady z územně plánovacích dokumentací)

j) zákres hranic bonitovaných půdně ekologických jednotek s vyznačením tříd ochrany (pouze v případě více BPEJ na pozemku)

k) informaci, v jakém následném řízení podle zvláštního právního předpisu má být souhlas s odnětím zemědělské půdy ze zemědělského půdního fondu podkladem

V případě stavby rodinného domu nebo stavby pro rodinnou rekreaci je nutno uvést dle § 9 odst. 4 zákona, že pozemek přilehlý ke stavbě má napříště sloužit jako zahrada.

Pokud budou za odnětí zemědělské půdy předepsány odvody, je třeba přiložit uvedené podklady ve dvojím vyhotovení.

Správní poplatky za vydání souhlasu k odnětí půdy ze zemědělského půdního fondu se nevybírají.

Osoba, které svědčí oprávnění k záměru, pro který byl vydán souhlas s odnětím zemědělské půdy ze zemědělského půdního fondu, je povinna za odňatou zemědělskou půdu zaplatit odvod (pokud se nejedná o případ, kdy se odvod nepředepisuje). O výši odvodů za odnětí půdy ze zemědělského půdního fondu rozhodne orgán ochrany zemědělského půdního fondu podle přílohy k zákonu o ochraně zemědělského půdního fondu po zahájení realizace záměru.

U všech případů jsou lhůty k vyřízení do 30 dnů, ve složitých případech do 60 dnů.