V roce 1990 bylo pojmenováno vítkovské náměstí jeho jménem.
Počátkem roku 1992 byl v Československé televizi uveden film "Jan". Děj se vrací k tragickým událostem roku 1969 a vypráví příběh inspirovaný osudem Jana Zajíce, který tehdy přinesl stejnou oběť protestu jako Jan Palach. Film, realizovaný mladými tvůrci - studenty a absolventy FAMU, se setkal a mimořádným ohlasem milionů diváků.
Z iniciativy Mgr. Vladislava Kučíka, autora scénáře filmu, vzniká v červnu 1992 Nadace Ceny Jana Zajíce při Základní škole Vítkov, Opavská ulice č. 22 a Městském úřadu ve Vítkově.
Na hřbitově byl odhalen jeho náhrobek od sochaře Olbrama Zoubka.
Za zásluhy o demokracii, které dobrovolně obětoval svůj život mu bylo 6. března 1992 uděleno Čestné občanství města Šumperka in memoriam.
Pamětní list převzali z rukou starosty Šumperka Ctirada Medlíka rodiče Jana Zajíce.